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Boltz-2 技术报告精读:亲和力与结构预测能否统一

Boltz-2 在结构预测之外加入结合亲和力预测,探索「结构 + 亲和力」联合建模;它很有价值,但不应被当作 FEP 的直接替代。

Boltz-2(MIT/Recursion, 2025)在 Boltz-1 的结构预测基础上,进一步加入结合亲和力预测,尝试把「复合物结构」与「亲和力」统一在一个模型里。

新增点

  • 亲和力预测:不仅给复合物结构,还估计结合强度。
  • 一体化:朝「输入生物分子体系 → 结构 + affinity」的统一目标迈进。
  • 开放路线:官方发布代码/模型,落地前仍需核对当前版本、license 与适用输入。

意义与谨慎

  • 意义:若结构与亲和力能统一,将大幅简化基于结构的筛选。
  • 谨慎:亲和力预测高度依赖数据分布与评测设置,必须在自己的靶点、化学系列和实验读数上独立验证。
  • 定位:可用于快速分流与假设生成,不应直接替代 RBFE/ABFE 或关键实验。

关键要点

  • Boltz-2 = 结构 + 亲和力联合建模尝试;
  • 有望简化基于结构的筛选;
  • 亲和力必须做体系内校准,勿直接替代 FEP/实验。

延伸资源

  • 配套:120《Boltz-1》、127《FEP》。