PDBbind 收录 PDB 中带实测结合亲和力的蛋白-配体复合物,并分成 general/refined/core 子集。
有什么数据
- 蛋白-配体复合物结构
- 对应的结合亲和力(Kd/Ki/IC50)
- general/refined/core 分层子集
- core set 常作打分函数评测
怎么获取与使用
按学术用途获取数据集;用于训练/评测结合亲和力预测与打分函数(如 CASF 基准基于其 core set)。
使用提示
注意数据集的相似性泄漏与时间泄漏问题(训练/测试有相近复合物会虚高,见 169);评测打分函数要用规范基准。
延伸资源
- 对照 239《Binding MOAD》、240《CrossDocked2020》;打分见 095。