扩散模型在药物设计中：从去噪生成到可验证假设

扩散模型通过逐步加噪和去噪学习生成数据分布。它在图像生成中出名，在药物设计中则主要进入 3D 构象、对接姿势、口袋条件分子生成和蛋白骨架设计。

典型应用

• 构象/3D 分子生成：生成满足几何和化学约束的空间结构。
• 对接：DiffDock 在平移、旋转和扭转自由度上生成结合姿势。
• 蛋白设计：RFdiffusion 生成蛋白骨架和 binder 设计候选。
• 口袋条件生成：按口袋几何和相互作用约束提出小分子。

边界

• 生成结构可能看起来合理，但仍需化学价态、构象能、穿模、合成和实验检查。
• 采样成本和后处理成本可能高于 SMILES 模型。
• 对训练分布外靶点、非典型配体、金属/共价体系要谨慎。

延伸资源

• 配套：101《DiffDock》、151《RFdiffusion》。