AIDD·Atlas AI 制药学习地图
模块 08

平台与公司

商业平台、CADD 软件、AI 制药公司案例

  1. 271 Chemistry42：AI 分子生成平台适合解决什么问题 Chemistry42 是 Insilico 的生成化学平台，把多种生成算法与多维打分整合成闭环，适合从靶点出发快速生成候选分子。 →
  2. 272 PandaOmics：AI 靶点发现平台如何组织证据 PandaOmics 整合多组学、文献与知识图谱为靶点构建可追溯的证据链并打分排序，是 AI 靶点发现的代表平台。 →
  3. 273 InClinico：AI 临床试验预测平台的应用场景 InClinico 尝试预测临床试验成功概率，把 AI 延伸到研发后端的决策，是临床预测类平台的代表。 →
  4. 274 Schrödinger LiveDesign：药物设计协作平台怎么用 LiveDesign 是 Schrödinger 的企业级设计协作平台，把建模、数据与团队协作整合到一个界面。 →
  5. 275 Schrödinger Maestro：商业 CADD 平台的核心能力 Maestro 是 Schrödinger 的旗舰建模界面，覆盖结构准备、对接、药效团、自由能等全套物理based CADD 能力。 →
  6. 276 Schrödinger FEP+：自由能计算平台为什么昂贵 FEP+ 是 Schrödinger 的相对结合自由能计算平台，精度高但对算力、力场与专业度要求高，因而昂贵。 →
  7. 277 OpenEye Orion：云端分子建模平台介绍 Orion 是 OpenEye 的云端分子建模平台，把其形状、构象、对接等工具放到可弹性扩展的云上。 →
  8. 278 OpenEye ROCS：形状相似性筛选工具的价值 ROCS 用三维形状（与化学特征）相似性做配体based筛选，擅长跨骨架找相似分子。 →
  9. 279 OpenEye Omega：构象生成工具在筛选中的作用 Omega 是高质量构象生成工具，为 ROCS 形状筛选、药效团匹配等三维方法提供可靠构象。 →
  10. 280 Cresset Flare：场分析与 CADD 协作平台 Flare 是 Cresset 的结构based设计平台，以分子相互作用场（静电/疏水）见长，并整合多种建模能力。 →
  11. 281 Cresset Spark：生物电子等排替换工具介绍 Spark 专门做生物电子等排（bioisostere）替换与骨架跃迁，帮助在保持活性的前提下改善性质或规避专利。 →
  12. 282 Optibrium StarDrop：ADMET 与多参数优化平台 StarDrop 把 ADMET 预测与多参数优化（MPO）结合，用概率化评分帮助在多目标间做平衡决策。 →
  13. 283 Optibrium Cerella：AI 辅助 DMTA 决策平台 Cerella 用主动学习与数据补全等 AI 方法，从已有项目数据中挖掘洞见、辅助 DMTA 决策。 →
  14. 284 AIDDISON：默克 AI 药物发现平台案例 AIDDISON 是默克（MilliporeSigma）的 AI 药物设计 SaaS，把生成设计与合成可行性（Synthia）结合。 →
  15. 285 Iktos Makya：生成式 AI 药物设计平台介绍 Makya 是 Iktos 的生成式分子设计 SaaS，支持多目标约束下的从头设计与优化。 →
  16. 286 Iktos Spaya：逆合成规划平台如何辅助合成 Spaya 是 Iktos 的逆合成规划平台，为目标分子给出可行合成路线，连接「设计」与「合成」。 →
  17. 287 Deep Origin Balto：生命科学 AI 工作空间介绍 Balto 是 Deep Origin 面向生命科学的 AI 工作空间，整合计算工具与数据，降低使用门槛。 →
  18. 288 Deep Origin DO Studio：建模、模拟与协作平台 DO Studio 提供建模与分子模拟能力并支持协作，是 Deep Origin 平台的计算侧组件。 →
  19. 289 NVIDIA BioNeMo：生物基础模型平台的商业定位 BioNeMo 是 NVIDIA 面向生物基础模型训练与部署的平台，商业定位是「算力 + 模型 + 部署」的基础设施。 →
  20. 290 AlphaFold Server：免费结构预测服务的应用边界 AlphaFold Server 提供免费网页端结构预测，便捷但有配额与许可边界，适合快速、小规模、非商业使用。 →
  21. 291 Boltz Web Demo：开放结构预测工具的在线体验 Boltz 的在线 Demo 让人无需部署即可体验开放结构预测，适合快速试用与对比。 →
  22. 292 Chai Discovery Platform：结构预测创业公司的产品路线 Chai Discovery 既开放 Chai-1 模型，也提供平台化产品，代表结构预测创业公司「开放 + 商业」的双轨路线。 →
  23. 293 Tencent iDrug：腾讯 AI 药物发现平台观察 腾讯的 AI 药物发现平台（云深智药 iDrug）覆盖结构预测、虚拟筛选与 ADMET 等，是大厂入局 AIDD 的案例。 →
  24. 294 Bohrium Uni-Mol Docking：在线 Docking 服务如何定位 Bohrium 上的 Uni-Mol Docking 在线服务把深势的对接能力做成即用云服务，降低对接的使用门槛。 →
  25. 295 DP Technology RiDYMO：分子动力学平台案例 RiDYMO 是深势科技面向分子动力学/增强采样的平台，把高精度模拟做成可用的产品化能力。 →
  26. 296 XtalPi ID4Inno：晶泰科技 AI 药物研发平台解析 ID4Inno 是晶泰科技（XtalPi）的 AI 药物研发平台，结合其晶型预测、量化与机器人自动化的积累。 →
  27. 297 Benchling R&D Cloud：生物医药研发数据管理平台 Benchling 是生命科学研发的数据/电子实验记录（ELN）平台，把实验数据结构化、可协作，是数据基础设施。 →
  28. 298 Dotmatics Luma：科研数据平台在药企中的作用 Luma 是 Dotmatics 的科研数据平台，连接实验、仪器与分析，帮助药企打通数据孤岛。 →
  29. 299 Certara D360：药物研发数据分析平台 D360 让科学家自助查询、整合与可视化研发数据，是连接数据与决策的分析平台。 →
  30. 300 CDD Vault：小团队如何管理化合物和活性数据 CDD Vault 是面向中小团队的化合物与活性数据管理 SaaS，门槛低、易协作，适合起步阶段。 →
  31. 301 MOE：经典商业分子建模平台能力梳理 MOE（Chemical Computing Group）是积累深厚的商业分子建模平台，覆盖小分子与生物大分子建模。 →
  32. 302 MolSoft ICM-Pro：结构建模和 Docking 平台介绍 ICM-Pro 以高效的结构建模与对接算法著称，是结构based药物设计的商业平台之一。 →
  33. 303 BioSolveIT SeeSAR：可视化药物设计工具如何使用 SeeSAR 把对接、打分与设计做成高度可视化、交互式的体验，让化学家直观地「边看边改」。 →
  34. 304 BioSolveIT HYDE：打分函数与结合能解释 HYDE 用基于去溶剂化与氢键的打分，给出可解释的、逐原子的结合能贡献，帮助理解 SAR。 →
  35. 305 BioSolveIT FlexX：经典 Docking 工具的定位 FlexX 是积累深厚的增量构建式对接工具，是 BioSolveIT 套件里对接能力的核心。 →
  36. 306 BioSolveIT ReCore：骨架跃迁和核心替换工具 ReCore 专门做核心/骨架替换，在保留关键取代基取向的前提下更换中间母核，辅助骨架跃迁与专利规避。 →
  37. 307 BioSolveIT infiniSee：超大化合物空间搜索平台 infiniSee 用相似性在数十亿级的可合成化学空间（如 Enamine REAL）里快速搜索，无需全量枚举。 →
  38. 308 Insilico Medicine：AI 制药公司案例拆解 Insilico 以「靶点发现（PandaOmics）+ 生成化学（Chemistry42）+ 临床预测」的端到端 AI 平台著称，并推进自研管线。 →
  39. 309 Schrödinger：软件公司如何切入新药研发 Schrödinger 以物理based计算软件起家，逐步用自有平台做药物发现（自研管线 + 合作），是「软件公司转药企」的代表。 →
  40. 310 Recursion：工业化表型组学与 AI 药物发现 Recursion 以大规模自动化细胞成像 + 机器学习构建「生物学地图」，代表表型/数据驱动的工业化 AIDD 路线。 →
  41. 311 Exscientia：AI 设计小分子的经验和教训 Exscientia 是最早把 AI 设计分子推进临床的公司之一，其经验与起伏是「AI 小分子」叙事的重要案例。 →
  42. 312 BenevolentAI：知识图谱驱动药物发现案例 BenevolentAI 以生物医学知识图谱 + NLP 做靶点发现与重定位，是「知识驱动」AIDD 的代表案例。 →
  43. 313 Isomorphic Labs：AlphaFold 之后的 AI 制药野心 Isomorphic Labs 是 Alphabet/DeepMind 体系的 AI 制药公司，承接 AlphaFold 的势能，主打模型驱动的药物设计与大药企合作。 →
  44. 314 Atomwise：基于结构的 AI 筛选公司案例 Atomwise 以基于结构的深度学习虚拟筛选（AtomNet）起家，是「AI 大规模筛选」叙事的早期代表。 →
  45. 315 XtalPi 晶泰科技：AI、机器人与药物研发平台化 晶泰科技以晶型预测起家，发展为「量子计算 + AI + 机器人自动化」的研发平台，强调干湿闭环。 →
  46. 316 DP Technology 深势科技：AI for Science 在药物研发中的布局 深势科技以「AI for Science」为旗帜，产出 Uni-Mol、Bohrium 等，覆盖分子模拟到药物研发的计算底座。 →
  47. 317 Generate:Biomedicines：生成式蛋白药物设计案例 Generate:Biomedicines 用生成式模型设计蛋白类药物，是「生成式蛋白治疗」方向的代表公司。 →
  48. 318 Absci：AI 抗体设计平台公司观察 Absci 用生成式 AI 结合高通量湿实验做抗体设计与从头生成，是「AI 抗体」方向的代表。 →
  49. 319 Valo Health：AI 临床与转化医学平台公司 Valo Health 以人体来源数据驱动的平台（Opal）整合发现到临床的环节，强调用真实世界/患者数据。 →
  50. 320 Owkin：联邦学习与多组学药物研发案例 Owkin 用联邦学习在不集中数据的前提下利用多家医院的多组学/病理数据，是「隐私保护 AI」在药研的代表。 →
  51. 321 Insitro：机器学习驱动靶点发现公司 Insitro 由 Daphne Koller 创办，强调用机器学习 + 大规模功能基因组/人体数据做靶点发现与患者分层。 →
  52. 322 Relay Therapeutics：蛋白动态结构如何指导药物设计 Relay 强调用蛋白「运动/动态结构」（而非单一静态结构）指导设计，结合大规模 MD 与实验，做高选择性分子。 →
  53. 323 Genesis Therapeutics：生成式 AI 小分子设计公司 Genesis Therapeutics 以图深度学习 + 生成式 AI 做小分子设计，强调专有模型在难成药靶点上的能力。 →
  54. 324 Iambic Therapeutics：AI 小分子设计公司的临床化路径 Iambic 把物理感知的深度学习（结构 + 动力学）用于小分子设计，并推进自研管线走向临床。 →
  55. 325 SandboxAQ：量子、AI 与药物发现公司观察 SandboxAQ 探索量子计算与 AI 结合的定量分子模拟（如更准的电子结构），是「量子 + AI」用于药研的前沿观察对象。 →
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01 入门 · 学习地图 02 分子表示 03 成药性 04 结构与模拟 05 AI 模型 06 开源工具 07 数据资源 08 平台与公司 09 实战流程 10 新药模态 11 合成与工艺 12 决策与监管