深度学习火热，但 ECFP4 + 树模型在很多任务上仍是难以超越的强基线。本篇生成 ECFP4 特征。
操作步骤
from rdkit.Chem import rdFingerprintGenerator；- 建生成器：
gen = rdFingerprintGenerator.GetMorganGenerator(radius=2, fpSize=2048)； - 对每个分子：
fp = gen.GetFingerprint(mol)，转成 numpy 数组； - 堆叠成特征矩阵，作为随机森林/XGBoost 的输入；
- 必要时尝试计数指纹或不同位数对比。
常见坑与提示
半径 2 = ECFP4；位数太小碰撞多、太大稀疏；先用 ECFP4 + RF/XGBoost 建强基线，再判断深度模型是否真的更好。
延伸资源
- 概念见 035–037；下一步 331、333。