用 PDBFixer 修复蛋白结构：Docking 前处理流程

下载的 PDB 常缺原子/残基或缺氢，直接对接会出错。用 PDBFixer 修复。

操作步骤

1. conda install -c conda-forge pdbfixer；
2. 加载结构，findMissingResidues() / findMissingAtoms()；
3. addMissingAtoms() 补全，addMissingHydrogens(pH=7.4) 按 pH 加氢；
4. 移除/替换非标准残基与异质分子；
5. 输出修复后的结构供 Meeko 准备 PDBQT。

延伸资源

• 概念见 105；工具见 215；下一步 341。