用 AutoDock Vina 跑 Docking：基础虚拟筛选流程

AutoDock Vina 是免费对接的标配。本篇走一遍最小可用的对接流程。

操作步骤

1. 准备受体：修复结构（PDBFixer，见 340）、转 PDBQT（Meeko，见 341）；
2. 准备配体：加氢、生成 3D、转 PDBQT；
3. 定义对接盒子（center + size），覆盖目标口袋；
4. 运行 vina --receptor ... --ligand ... --config box.txt；
5. 读取多个姿势与打分，挑合理姿势（见 337–339）。

延伸资源

• 工具见 182；论文见 097；下一步 337。