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用 OpenBabel 批量转格式:化学文件处理自动化

用 OpenBabel 命令行/Python 批量转换化学文件格式,打通工具间的格式不兼容。

不同工具要不同格式。OpenBabel 是批量转格式、打通流程的瑞士军刀。

操作步骤

  1. 安装:conda install -c conda-forge openbabel
  2. 单文件:obabel in.sdf -O out.mol2
  3. 批量:用通配符或脚本循环转换;
  4. 可加氢、由 2D 生成 3D:--gen3d
  5. 用 Python(pybel)做自动化处理。

常见坑与提示

转换非无损(键级/电荷/立体可能误判),转换后用 RDKit 核查关键结构;批量时注意失败项的记录。

延伸资源

  • 概念见 107;工具见 216。