不同工具要不同格式。OpenBabel 是批量转格式、打通流程的瑞士军刀。
操作步骤
- 安装:
conda install -c conda-forge openbabel; - 单文件:
obabel in.sdf -O out.mol2; - 批量:用通配符或脚本循环转换;
- 可加氢、由 2D 生成 3D:
--gen3d; - 用 Python(pybel)做自动化处理。
常见坑与提示
转换非无损(键级/电荷/立体可能误判),转换后用 RDKit 核查关键结构;批量时注意失败项的记录。
延伸资源
- 概念见 107;工具见 216。