目标蛋白没有晶体结构时,AlphaFold Server 能几分钟给出预测结构作为设计起点。
操作步骤
- 在 alphafoldserver.com 提交目标蛋白序列;
- 拿到预测结构与置信度(pLDDT、PAE);
- 用 pLDDT 判断哪些区域可信(柔性 loop 通常低);
- 对可信的口袋区域做后续对接/设计;
- 必要时与开源方案(Boltz/Chai-1)交叉验证。
常见坑与提示
低 pLDDT 区域别当可靠结构;预测口袋可能与真实诱导契合不同;注意配额与非商业许可限制。
延伸资源
- 教程见 019;下一步 344。