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用 AlphaFold Server 预测无结构靶点

当靶点没有实验结构时,用 AlphaFold Server 快速拿到预测结构作为基于结构设计的起点。

目标蛋白没有晶体结构时,AlphaFold Server 能几分钟给出预测结构作为设计起点。

操作步骤

  1. 在 alphafoldserver.com 提交目标蛋白序列;
  2. 拿到预测结构与置信度(pLDDT、PAE);
  3. 用 pLDDT 判断哪些区域可信(柔性 loop 通常低);
  4. 对可信的口袋区域做后续对接/设计;
  5. 必要时与开源方案(Boltz/Chai-1)交叉验证。

常见坑与提示

低 pLDDT 区域别当可靠结构;预测口袋可能与真实诱导契合不同;注意配额与非商业许可限制。

延伸资源

  • 教程见 019;下一步 344。