DiffDock、Vina、GNINA 路线不同、偏好不同。本篇讲怎么综合判断。
操作步骤
- 对同一体系分别跑 Vina、GNINA 重打分、DiffDock;
- 看三者姿势是否一致(共识姿势更可信);
- 用 PLIP/ProLIF 核对各姿势的关键相互作用(见 338、339);
- 用共晶配体重对接做基准验证;
- 结合置信度与已知 SAR 做最终判断。
常见坑与提示
没有单一方法总对:Vina 快但打分粗、GNINA 重打分常更准、DiffDock 适合盲对接但分布外不稳。共识 + 相互作用核对 + 重对接是最稳的判据。
延伸资源
- 工具见 182–184;姿势见 096。