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比较 DiffDock、Vina、GNINA:什么时候相信哪个结果

三种对接方法各有偏好;用「共识 + 相互作用核对 + 重对接验证」来判断该相信哪个结果。

DiffDock、Vina、GNINA 路线不同、偏好不同。本篇讲怎么综合判断。

操作步骤

  1. 对同一体系分别跑 Vina、GNINA 重打分、DiffDock;
  2. 看三者姿势是否一致(共识姿势更可信);
  3. 用 PLIP/ProLIF 核对各姿势的关键相互作用(见 338、339);
  4. 用共晶配体重对接做基准验证;
  5. 结合置信度与已知 SAR 做最终判断。

常见坑与提示

没有单一方法总对:Vina 快但打分粗、GNINA 重打分常更准、DiffDock 适合盲对接但分布外不稳。共识 + 相互作用核对 + 重对接是最稳的判据。

延伸资源

  • 工具见 182–184;姿势见 096。