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在分子生成中加入 Docking Score 约束

把对接打分接入生成奖励,让产物倾向于能结合目标口袋——但要警惕对接打分被「刷分」。

对接打分作为生成约束,引导分子结合目标口袋;但这是最容易被钻空子的组件。

操作步骤

  1. 准备好受体口袋与对接流程(见 336);
  2. 在生成循环里对候选分子做快速对接打分;
  3. 把对接分作为奖励组件(注意计算成本);
  4. 限制分子大小/脂溶性,防止「靠变大刷分」;
  5. 对高分结果用更可信方法(GNINA/MM-GBSA)复核。

常见坑与提示

对接打分极易被 reward hacking(生成又大又脏的分子刷高分);务必配合 LE/LLE、SA、ADMET 约束,并对结果重打分复核(见 071、337)。

延伸资源

  • 概念见 095;对接见 336、337。