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Linker Design 实战:连接子设计的计算方法

连接子设计(片段连接、PROTAC linker)要兼顾几何可达、柔性与性质,是计算辅助的重点。

连接子设计出现在片段连接与双功能分子(如 PROTAC)里:把两个结合单元连起来。

操作步骤

  1. 确定两个锚定基团的空间位置与出口向量;
  2. 枚举/生成满足几何约束的连接子(长度、角度);
  3. 用对接/构象检查连接后是否仍能同时结合;
  4. 评估连接子带来的柔性、性质与可合成性变化;
  5. 对 PROTAC 还要看三元复合物可行性(见 359、360)。

常见坑与提示

连接子不是「随便连上即可」:长度/刚性显著影响活性与成药性;PROTAC 的 linker 直接决定降解效率,需专门优化。

延伸资源

  • 概念见 054《片段》;模态见 360《PROTAC Linker》。