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用 ProLIF 提取相互作用指纹:把 Pose 变成特征

用 ProLIF 把对接姿势/MD 轨迹的相互作用编码成指纹,用于比较姿势或作为下游特征。

对接出姿势后,用 ProLIF 把「哪些残基发生了哪种相互作用」编码成指纹,便于量化分析。

操作步骤

  1. 准备受体与配体姿势(或 MD 轨迹);
  2. pip install prolif,用 MDAnalysis 载入结构;
  3. 生成相互作用指纹(氢键/疏水/π 堆积等);
  4. 把姿势指纹与已知活性分子的指纹比对;
  5. 对 MD 轨迹统计各相互作用出现频率(稳定性)。

常见坑与提示

相互作用指纹依赖正确的质子化/结构准备;用它核对「是否形成关键相互作用」比单看分数更可信(见 096)。

延伸资源

  • 概念见 109;工具见 207;对照 339。