对接出姿势后,用 ProLIF 把「哪些残基发生了哪种相互作用」编码成指纹,便于量化分析。
操作步骤
- 准备受体与配体姿势(或 MD 轨迹);
pip install prolif,用 MDAnalysis 载入结构;- 生成相互作用指纹(氢键/疏水/π 堆积等);
- 把姿势指纹与已知活性分子的指纹比对;
- 对 MD 轨迹统计各相互作用出现频率(稳定性)。
常见坑与提示
相互作用指纹依赖正确的质子化/结构准备;用它核对「是否形成关键相互作用」比单看分数更可信(见 096)。
延伸资源
- 概念见 109;工具见 207;对照 339。