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用 DiffDock 预测 Docking Pose:深度学习对接实战

用 DiffDock 做盲对接,快速生成候选姿势与置信度,适合没有明确口袋或要快速初筛时。

DiffDock 用扩散模型做盲对接,不需指定口袋即可生成姿势。

操作步骤

  1. 按官方仓库配置环境(需 GPU);
  2. 输入蛋白结构 + 配体 SMILES;
  3. 运行推理,得到多个候选姿势与置信度(confidence);
  4. 按置信度排序,挑高置信姿势;
  5. 与传统对接结果交叉验证(见 346)。

常见坑与提示

置信度低的结果要谨慎;对训练分布外蛋白可能不稳;DiffDock 给的是「位置/姿势」,结合强弱仍需其它方法判断。

延伸资源

  • 工具见 184;论文见 101;下一步 346。