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Scaffold Hopping 实战:如何跳出原有母核

用形状/药效团相似或生成方法更换母核,在保住关键相互作用的前提下跳出原骨架。

骨架跃迁用于改善性质、规避专利或突破优化瓶颈:换母核但保住关键相互作用。

操作步骤

  1. 明确要保留的关键药效团/相互作用(见 092);
  2. 方法一:形状/药效团相似性搜索(ROCS 类,见 278)找新骨架;
  3. 方法二:核心替换工具(ReCore,见 306)保留出口向量换中心;
  4. 方法三:生成模型做骨架装饰/约束生成;
  5. 对候选用对接 + 相互作用核对验证是否保住关键作用。

常见坑与提示

跃迁后务必验证关键相互作用与活性是否保住;新骨架的 ADMET/可合成性要重新评估,别只看相似度。

延伸资源

  • 概念见 040;工具见 278、306。