AutoDock Vina 是免费开源的分子对接程序，部署轻量、社区成熟，是虚拟筛选的标配。
安装与部署
下载预编译二进制，或 pip install vina 用其 Python 接口（Vina 1.2）。
典型用法
- 用 Meeko 准备受体/配体 PDBQT
- 定义对接盒子并运行对接
- 重对接已知配体验证流程
- 批量对接做虚拟筛选
上手提示
先用「重对接共晶配体」验证流程能复现已知姿势，再做新分子；对接盒子设置是常见错误来源。
延伸资源
- 论文见 097、098；准备工具见 214《Meeko》、215《PDBFixer》。