靶点选错是新药研发失败的首要原因。分子设计得再好，如果靶点与疾病没有因果关系，或者调控它不能改善疾病，项目必然失败——而这通常要到 II 期才会暴露，此时已投入数年与巨额资金。
证据的层次
| 证据类型 | 因果强度 | 说明 |
|---|---|---|
| 人类遗传学 | 最强 | 变异是先天随机分配的，方向明确 |
| 孟德尔随机化 | 强 | 用遗传变异做工具变量的因果推断 |
| 人类功能丧失变异 | 强 | 天然的「靶点抑制」实验 |
| 动物遗传模型 | 中强 | 有物种差异 |
| 扰动实验（CRISPR） | 中强 | 实验因果，但体外环境 |
| 药理学工具化合物 | 中 | 需排除脱靶 |
| 表达关联 | 弱 | 可能是疾病的结果而非原因 |
| 文献共现 | 最弱 | 反映研究热度 |
已有分析表明，有人类遗传学证据支持的靶点，其药物的临床成功率约为无此证据靶点的两倍。这是靶点选择中最可靠的先验之一（见 250《Open Targets Genetics》）。
相关性 vs 因果性
# 「基因 X 在患病组织中高表达」的三种可能解释：
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# 1) X 是疾病的原因
# → 抑制 X 有治疗价值 ✓
#
# 2) X 是疾病的结果（代偿性上调）
# → 抑制 X 可能有害（破坏代偿机制）✗
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# 3) X 与疾病有共同原因（混杂）
# → 抑制 X 无效 ✗
#
# 表达数据本身无法区分这三种情况！
#
# 区分的手段：
# a) 人类遗传学：变异是先天的，不受疾病状态影响
# → 方向明确
# b) 扰动实验：主动改变 X，看疾病表型是否改变
# c) 孟德尔随机化：用遗传变异作工具变量
# d) 时序数据：X 的变化是否先于疾病发生方向性：最容易搞错也最致命
知道「X 与疾病相关」还不够，必须知道「该激活还是抑制 X」。
- 遗传学能给出方向：如果功能丧失变异降低疾病风险 → 抑制该靶点有治疗价值；如果功能丧失变异增加疾病风险 → 应该激活而非抑制；
- PCSK9 是正面案例：功能丧失变异携带者 LDL 胆固醇低、心血管风险低且健康 → 明确支持开发抑制剂；
- 方向搞反的后果是灾难性的：整个项目建立在错误的假设上，且可能到临床才发现。
安全性的遗传学证据
# 遗传学不只告诉你「有效性」，也告诉你「安全性」
#
# 关键问题：人群中有天然「敲低」该靶点的人吗？他们健康吗？
#
# 查询路径：
# 1) gnomAD：该基因的功能丧失变异频率
# - pLI 分数：该基因对功能丧失的不耐受程度
# pLI > 0.9 → 高度不耐受，抑制可能有害
# pLI < 0.1 → 耐受，抑制可能安全
# - LOEUF：更现代的指标
#
# 2) ClinVar（见 253）：功能丧失变异是致病还是良性？
# 良性 → 安全性利好
#
# 3) OMIM（见 254）：该基因的功能丧失导致什么疾病？
# 严重多系统疾病 → 抑制风险高
#
# 4) 小鼠敲除表型（IMPC）：胚胎致死？器官异常？
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# 5) Open Targets 的 safety liabilities 字段（见 249）
#
# 这套查询应该在立项阶段就完成，成本极低但价值极高靶点验证的实验层次
| 层次 | 方法 | 说明 |
|---|---|---|
| 1. 体外扰动 | siRNA/CRISPR 敲低敲除 | 细胞表型是否改变 |
| 2. 挽救实验 | 回补野生型基因 | 排除脱靶的关键对照 |
| 3. 工具化合物 | 已知抑制剂 | 药理学验证 |
| 4. 抗性突变 | 引入不结合药物但保功能的突变 | 最强的靶点归属证据 |
| 5. 体内遗传模型 | 敲除/条件敲除动物 | 整体表型 |
| 6. 体内药理 | 工具化合物在动物中 | 见 408《药效模型 Efficacy Model》 |
| 7. 人体数据 | 遗传学、已有药物的临床数据 | 最有说服力 |
「挽救实验」是很多团队跳过但极其重要的对照：敲低基因 X 后细胞表型改变，可能是脱靶效应；如果回补一个 siRNA 不识别的 X 拷贝能恢复表型，才能确信效应来自 X。
「敲除有效但抑制无效」的陷阱
- 蛋白可能有支架功能：敲除去掉了整个蛋白（包括支架功能），而小分子抑制剂只阻断酶活性位点。如果表型来自支架功能，抑制剂就无效。
- 这解释了一类项目失败：遗传学证据完美，但小分子抑制剂没有效果；
- 识别方法：比较「敲除」与「催化失活突变（knock-in）」的表型。如果催化失活不产生表型，说明功能来自支架而非酶活；
- 应对：改用降解剂（见 356《PROTAC 是什么》）——它清除整个蛋白，等效于敲除。
立项时的完整检查清单
# 靶点立项前应回答的问题
#
# 生物学：
# □ 有人类遗传学证据吗？方向是什么？
# □ 有扰动实验证据吗？做过挽救对照吗？
# □ 表型来自酶活还是支架功能？
# □ 通路有冗余或代偿吗？
# □ 组织表达谱如何？
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# 安全性：
# □ 功能丧失变异携带者健康吗？（gnomAD、ClinVar）
# □ 敲除动物表型如何？
# □ 在心脏、肝、脑等关键器官表达吗？
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# 可成药性：
# □ 有可成药口袋吗？（见 413）
# □ 同家族有已上市药物吗？
# □ 什么模态最合适？（见 383）
# □ 选择性能做到吗？（家族成员数量）
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# 转化：
# □ 有可用的 PD 标志物吗？
# □ 有合适的动物模型吗？
# □ 临床终点是什么？监管认可吗？
#
# 竞争：
# □ 有多少家在做？进展如何？
# □ 有失败的先例吗？失败原因是什么？
# ← 这一条最有价值：别人踩过的坑不要再踩关键要点
- 人类遗传学证据是最强的因果证据，且能同时提示有效性方向与安全性；
- 表达关联无法区分「原因」「结果」「混杂」，不能作为立项的主要依据；
- 务必确认方向——该抑制还是激活，搞反是灾难性的；
- 区分「酶活功能」与「支架功能」，后者需要降解剂而非抑制剂。