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DepMap:癌症依赖性数据如何寻找靶点

DepMap 用大规模 CRISPR/RNAi 敲除筛选揭示癌细胞系的基因依赖,是发现癌症靶点的关键资源。

DepMap(Cancer Dependency Map)用全基因组 CRISPR/RNAi 敲除筛选,量化各癌细胞系对每个基因的依赖性

有什么数据

  • 基因敲除的细胞活力效应(依赖性分数)
  • 数百癌细胞系覆盖
  • 与组学/突变的关联
  • 选择性依赖的发现

怎么获取与使用

网页交互查询或下载数据;用于找「某类癌细胞特别依赖、正常细胞不依赖」的选择性靶点。

使用提示

选择性依赖(在突变背景下的合成致死)是优质靶点线索;结合 CCLE(265)组学解释依赖来源。

延伸资源

  • 对照 265《CCLE》、266《GDSC》。