ProDy 是用于蛋白结构与动力学分析的 Python 库，含弹性网络模型（ENM）、构象 PCA 等。
安装与部署
pip install prody。
典型用法
- 用弹性网络模型分析柔性
- 对结构集合/轨迹做 PCA
- 分析构象变化与功能运动
- 处理与比对 PDB 结构
上手提示
适合「不跑长 MD 也想了解蛋白柔性」的场景；ENM 计算快、直观。
延伸资源
- 对照 205《MDAnalysis》；可视化 211《PyMOL》。
ProDy：蛋白结构动力学分析工具
ProDy 擅长蛋白结构与柔性分析（如弹性网络模型、PCA），用于研究构象变化与功能运动。