PDBFixer 修复 PDB 结构：补缺失原子/残基、加氢、替换非标准残基、加溶剂盒子。
安装与部署
conda install -c conda-forge pdbfixer（OpenMM 生态）。
典型用法
- 补全缺失原子与短缺环区
- 按 pH 加氢
- 处理非标准残基与异质分子
- 为 MD 加水加离子
上手提示
修复是对接/模拟的前置质量关；关键区域补全要人工核查，避免引入错误构象。
延伸资源
- 概念见 105；对接见 214《Meeko》、模拟 200《OpenMM》。
PDBFixer：蛋白结构修复工具
PDBFixer 补全缺失原子/残基、加氢、处理非标准残基，是对接与模拟前的结构修复利器。