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RCSB PDB:结构检索、下载与质量判断

RCSB 是 PDB 的主要门户,提供强大的结构检索、下载与质量指标,是判断一个结构能不能用的关键。

RCSB PDB 是 PDB 在美国的主门户,提供高级检索、批量下载与丰富的结构质量信息。

有什么数据

  • 按序列/配体/方法/分辨率等高级检索
  • 结构质量指标(分辨率、R-free、验证报告)
  • 配体结合位点与相互作用信息
  • 批量下载与 API

怎么获取与使用

网页高级检索定位结构,下载 PDB/mmCIF;用结构验证报告判断质量后再用于对接/建模。

使用提示

选结构看三点:分辨率(越低越好,如 <2.5 Å)、R-free、目标口袋区域电子密度是否清晰;有共晶配体的结构更适合做对接验证。

延伸资源

  • 对照 236《PDB》;修复见 215《PDBFixer》。