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GNINA:GPU 加速 Docking 与 CNN 重打分

GNINA 在 Vina 谱系上加入 CNN 打分与 GPU 加速,适合在对接后做深度学习重排序。

GNINA 是支持 GPU 的对接工具,内置 3D-CNN 打分,可对姿势做深度学习重排序。

安装与部署

用官方预编译二进制或 Docker 镜像;CNN 打分建议在 GPU 上运行。

典型用法

  • 对接并用 CNN 打分挑姿势
  • 对 Vina 采样结果做 CNN 重排序
  • 用模型集成提升稳健性
  • 批量虚拟筛选的重打分阶段

上手提示

典型用法是「Vina/smina 采样 + GNINA CNN 重打分」;CNN 受训练分布影响,结果仍要实验/相互作用核对。

延伸资源

  • 论文见 099;教程见 016。