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YANK:结合自由能计算工具介绍

YANK 是基于 OpenMM 的结合自由能计算工具,常用于绝对结合自由能等研究性计算。

YANK 是基于 OpenMM 的自由能计算工具,常用于绝对结合自由能(ABFE)等。

安装与部署

按官方文档安装(基于 OpenMM 生态)。

典型用法

  • 做绝对/相对结合自由能计算
  • 研究增强采样与自由能方法
  • 与 OpenMM 体系衔接
  • 方法学验证与基准

上手提示

ABFE 计算难且贵,多用于研究;先导优化的日常更多用 RBFE(OpenFE)。

延伸资源

  • 概念见 127;对照 203《Perses》。