YANK 是基于 OpenMM 的自由能计算工具,常用于绝对结合自由能(ABFE)等。
安装与部署
按官方文档安装(基于 OpenMM 生态)。
典型用法
- 做绝对/相对结合自由能计算
- 研究增强采样与自由能方法
- 与 OpenMM 体系衔接
- 方法学验证与基准
上手提示
ABFE 计算难且贵,多用于研究;先导优化的日常更多用 RBFE(OpenFE)。
延伸资源
- 概念见 127;对照 203《Perses》。
YANK 是基于 OpenMM 的结合自由能计算工具,常用于绝对结合自由能等研究性计算。
YANK 是基于 OpenMM 的自由能计算工具,常用于绝对结合自由能(ABFE)等。
按官方文档安装(基于 OpenMM 生态)。
上手提示
ABFE 计算难且贵,多用于研究;先导优化的日常更多用 RBFE(OpenFE)。