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Biopython:生物序列与结构数据处理基础

Biopython 是处理生物序列与结构数据的基础库,常用于序列解析、PDB 处理与数据库交互。

Biopython 是生物信息学的基础 Python 库,覆盖序列、结构、数据库等。

安装与部署

pip install biopython

典型用法

  • 解析 FASTA/GenBank 等序列格式
  • 用 PDB 模块处理结构文件
  • 做序列比对与基本分析
  • 与 NCBI 等数据库交互

上手提示

是生物数据处理的「瑞士军刀」;结构方面常与 RDKit/PDBFixer 配合用于前处理。

延伸资源

  • 结构修复见 215《PDBFixer》;序列模型见 194《ESM》。