PyTorch Geometric(PyG)是图神经网络的主流 PyTorch 框架,提供图数据结构、消息传递接口与大量 GNN 层。
安装与部署
pip install torch_geometric(按官方说明匹配 PyTorch/CUDA 版本)。
典型用法
- 把分子转成 PyG 的图数据对象
- 用现成的 GCN/GAT/MPNN 层搭模型
- 自定义消息传递实现新 GNN
- 配合 RDKit 提取原子/键特征
上手提示
想自己实现/改进分子 GNN,PyG 是基础设施;只想快速出结果用 Chemprop/DeepChem 更省事。装好版本匹配是最大的坑。
延伸资源
- 课程见 006;概念见 159《GNN》。