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PyTorch Geometric:GNN 分子建模的基础框架

PyTorch Geometric(PyG)是图深度学习的主流框架,是自己实现分子 GNN 的基础设施。

PyTorch Geometric(PyG)是图神经网络的主流 PyTorch 框架,提供图数据结构、消息传递接口与大量 GNN 层。

安装与部署

pip install torch_geometric(按官方说明匹配 PyTorch/CUDA 版本)。

典型用法

  • 把分子转成 PyG 的图数据对象
  • 用现成的 GCN/GAT/MPNN 层搭模型
  • 自定义消息传递实现新 GNN
  • 配合 RDKit 提取原子/键特征

上手提示

想自己实现/改进分子 GNN,PyG 是基础设施;只想快速出结果用 Chemprop/DeepChem 更省事。装好版本匹配是最大的坑。

延伸资源

  • 课程见 006;概念见 159《GNN》。