ESM 是蛋白语言模型工具箱,提供 ESM-2 等预训练权重与 Python 接口。
安装与部署
pip install fair-esm 或经 Hugging Face transformers 加载;大模型需较多显存。
典型用法
- 提取蛋白序列嵌入作为特征
- 做突变效应/功能预测
- 为下游任务提供表征
- 接入 ESMFold 做结构预测
上手提示
按任务选模型规模:小模型快、大模型表征更强;显存不够时用较小变体或截断序列。
延伸资源
- 论文见 143《ESM-2》;结构预测见 195。
ESM 提供 ESM-2 等蛋白语言模型权重与接口,可提取蛋白表征用于多种下游任务。
ESM 是蛋白语言模型工具箱,提供 ESM-2 等预训练权重与 Python 接口。
pip install fair-esm 或经 Hugging Face transformers 加载;大模型需较多显存。
上手提示
按任务选模型规模:小模型快、大模型表征更强;显存不够时用较小变体或截断序列。