MDAnalysis 是 Python 的 MD 轨迹分析库，支持多种轨迹格式与丰富分析。
安装与部署
pip install MDAnalysis。
典型用法
- 计算 RMSD/RMSF/回转半径
- 统计氢键、接触与距离随时间变化
- 灵活选择原子/残基做分析
- 配合 ProLIF 做相互作用统计
上手提示
先用 RMSD 判断平衡区，再在平衡段统计；轻量替代有 MDTraj（206）。
延伸资源
- 概念见 124、129；相互作用见 207《ProLIF》。
MDAnalysis：MD 轨迹分析工具
MDAnalysis 是用 Python 分析 MD 轨迹的主力库，能算 RMSD、相互作用等各类指标。