OpenFF Toolkit 用数据驱动的现代力场(如 Sage)给小分子参数化。
安装与部署
conda install -c conda-forge openff-toolkit。
典型用法
- 为配体生成力场参数与拓扑
- 为 OpenMM/OpenFE 准备体系
- 统一管理小分子参数化
- 检查参数化是否合理
上手提示
小分子参数化是 MD/自由能最常见的坑,务必检查参数化结果;它是这些流程的上游。
延伸资源
- 概念见 014;引擎见 200《OpenMM》。
OpenFF Toolkit 给小分子生成现代力场参数,是 MD 与自由能计算前不可省略的一步。
OpenFF Toolkit 用数据驱动的现代力场(如 Sage)给小分子参数化。
conda install -c conda-forge openff-toolkit。
上手提示
小分子参数化是 MD/自由能最常见的坑,务必检查参数化结果;它是这些流程的上游。