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OpenFF Toolkit:小分子力场参数化工具

OpenFF Toolkit 给小分子生成现代力场参数,是 MD 与自由能计算前不可省略的一步。

OpenFF Toolkit 用数据驱动的现代力场(如 Sage)给小分子参数化。

安装与部署

conda install -c conda-forge openff-toolkit

典型用法

  • 为配体生成力场参数与拓扑
  • 为 OpenMM/OpenFE 准备体系
  • 统一管理小分子参数化
  • 检查参数化是否合理

上手提示

小分子参数化是 MD/自由能最常见的坑,务必检查参数化结果;它是这些流程的上游。

延伸资源

  • 概念见 014;引擎见 200《OpenMM》。