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RFdiffusion:蛋白骨架生成工具实战

RFdiffusion 用扩散模型按约束生成蛋白骨架,可做结合物设计与对称组装,是蛋白从头设计的主力。

RFdiffusion 用扩散模型从头生成蛋白骨架,支持 binder、motif 支架、对称等条件设计。

安装与部署

按官方仓库配置环境,需 GPU。

典型用法

  • 生成满足约束的蛋白骨架
  • 做靶向结合物(binder)设计
  • motif 支架与对称组装
  • 配合 ProteinMPNN 设计序列

上手提示

设计流程:RFdiffusion 生成骨架 → ProteinMPNN 设计序列 → AF2 过滤验证;生成需大量采样与筛选。

延伸资源

  • 论文见 151;配套 196。