MDTraj 是轻量、快速的 MD 轨迹分析库，擅长几何计算与轨迹格式转换。
安装与部署
pip install mdtraj 或 conda install -c conda-forge mdtraj。
典型用法
- 读写多种轨迹格式
- 计算 RMSD、距离、二面角等
- 做轨迹切片与对齐
- 与 NumPy 无缝衔接做自定义分析
上手提示
MDTraj 与 MDAnalysis 功能重叠，按习惯选用；MDTraj 在格式转换与轻量计算上很顺手。
延伸资源
- 对照 205《MDAnalysis》。
MDTraj：轻量级分子动力学轨迹分析
MDTraj 轻量、快速，适合做 MD 轨迹的几何计算与格式转换，是 MDAnalysis 的常用替代。