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PubChem:化合物信息检索和批量下载指南

PubChem 是全球最大的免费化学信息库,覆盖化合物、物质与生物测定,适合检索与大规模下载。

PubChem(NCBI)是全球最大的免费化学信息数据库,包含化合物(Compound)、物质(Substance)与生物测定(BioAssay)三大库。

有什么数据

  • 上亿化合物的结构与性质
  • 生物测定(BioAssay)活性数据
  • 专利、文献与交叉引用
  • 化合物标识与同义词

怎么获取与使用

网页检索单个化合物,或用 PUG-REST / PUG-View API、批量下载服务获取大规模数据;可按结构、性质、活性等检索。

使用提示

数据来源广、质量参差,使用前需甄别来源与实验类型;活性数据常用于构建 HTS 类 Benchmark(如 LIT-PCBA,见 242)。

延伸资源

  • 对照 226《ChEMBL》;Benchmark 见 242。