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DUD-E:虚拟筛选 Benchmark 的优势和问题

DUD-E 用活性分子 + 物理性质匹配的诱饵评测虚拟筛选,是经典基准,但存在被诟病的偏倚。

DUD-E(Directory of Useful Decoys, Enhanced)为一批靶点提供活性分子与性质匹配的诱饵(decoy),用于评测虚拟筛选/对接的富集能力。

有什么数据

  • 多个靶点的已知活性分子
  • 物理性质匹配的诱饵分子
  • 用于计算富集(EF、AUC)
  • 覆盖多类靶点

怎么获取与使用

下载对应靶点的活性与诱饵,跑虚拟筛选后算富集指标评估方法。

使用提示

DUD-E 有已知偏倚:诱饵与活性在某些隐性特征上可分,深度学习易「作弊」学到与结合无关的差异。结论要谨慎,配合更真实基准(见 242)。

延伸资源

  • 对照 242《LIT-PCBA》;陷阱见 169。