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LINCS L1000:转录组扰动数据如何用于药物发现

LINCS L1000 用低成本测一千个标志基因,构建海量药物/基因扰动的转录组特征,用于连通性与机制分析。

LINCS L1000 用测量约 1000 个标志基因(landmark genes)的低成本方法,生成海量化合物/基因扰动的转录组特征(signature)。

有什么数据

  • 药物/基因扰动的表达特征
  • 约 1000 个标志基因 + 推断全转录组
  • 多细胞系、多剂量
  • 连通性(connectivity)分析

怎么获取与使用

通过 CLUE/相关门户查询与下载;用「连通性分析」找与某特征相反/相似的扰动,推断机制或重定位。

使用提示

L1000 是推断数据(由标志基因外推),有噪声;连通性分析适合生成假设,需实验验证。

延伸资源

  • 对照 263《MSigDB》、267《PRISM Repurposing》。