LINCS L1000 用测量约 1000 个标志基因(landmark genes)的低成本方法,生成海量化合物/基因扰动的转录组特征(signature)。
有什么数据
- 药物/基因扰动的表达特征
- 约 1000 个标志基因 + 推断全转录组
- 多细胞系、多剂量
- 连通性(connectivity)分析
怎么获取与使用
通过 CLUE/相关门户查询与下载;用「连通性分析」找与某特征相反/相似的扰动,推断机制或重定位。
使用提示
L1000 是推断数据(由标志基因外推),有噪声;连通性分析适合生成假设,需实验验证。
延伸资源
- 对照 263《MSigDB》、267《PRISM Repurposing》。