Mcule：商业筛选库在虚拟筛选中的用途

Mcule 是化合物采购平台，同时提供在线的虚拟筛选工具。它在实际工作流中的位置很具体：你已经通过计算筛出了一批候选，现在要确认哪些真的能买到、多少钱、多久到货。这一步看似琐碎，却是虚拟筛选能否落地的关键环节。

库的分层

做首轮生物验证时，现货库的价值远高于规模：能在两周内拿到二十个分子做实验，比三个月后拿到两百个更有意义——项目的迭代速度才是关键约束。

在线工具

• 1-click docking：上传受体和配体即可在线对接，无需本地部署。适合快速验证想法或没有计算环境时用。
• 相似性 / 子结构检索：拿一个命中分子去搜类似物，快速构建初步 SAR 系列。这是它在实际项目中最常用的功能。
• 性质计算与过滤：在线算 MW、logP、TPSA 等并按规则过滤。
• REST API：可编程查询可得性与价格，便于把采购检查接进自动化流程。

# 用 API 批量核查可得性（示意，需申请 API key）
import requests

def check_availability(smiles_list, api_key):
    out = []
    for smi in smiles_list:
        r = requests.get("https://mcule.com/api/v1/search/lookup/",
                         params={"query": smi},
                         headers={"Authorization": f"Token {api_key}"})
        if r.ok and r.json().get("results"):
            hit = r.json()["results"][0]
            out.append({"smiles": smi, "mcule_id": hit["mcule_id"],
                        "available": True})
        else:
            out.append({"smiles": smi, "available": False})
    return out

把它放进虚拟筛选流程

# 完整链路
1. ZINC / REAL 大库           → 计算筛选
2. 对接 + 重打分 + 过滤       → top 500
3. 人工审查（mols2grid）       → top 100
4. Mcule 核查可得性与价格      → 实际可买的 40 个   ← 这一步
5. 多样性挑选                  → 下单 20～30 个
6. 生物测试                    → 苗头确认

第 4 步经常被低估：计算筛出的漂亮分子，实际可采购率往往只有一半甚至更低。把可得性检查提前到筛选中期（而不是最后），能避免在买不到的分子上浪费大量计算与分析时间。

采购时的实际考量

• 纯度：确认供应商标称纯度（通常 ≥90% 或 ≥95%）。生物测试对纯度敏感，杂质可能造成假阳性。
• 数量：初筛通常 1～5 mg 足够，别一开始就买大量。
• 价格差异大：同一分子不同供应商价格可能差数倍，值得比价（eMolecules 见 233《eMolecules》 在这方面更专门）。
• 交付风险：标称现货也可能缺货。下单时多选 20%～30% 的备选分子。
• 结构确认：收到后建议做 LC-MS 或 NMR 核对，商业化合物的结构错误率虽低但非零，一个错误结构会污染整轮 SAR 结论。

延伸资源

• 化合物库：230《ZINC》、231《Enamine REAL》；比价平台：233《eMolecules》；
• 人工审查：217《Mols2grid》；
• 虚拟筛选流程见「实战流程」模块。