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BindingDB:蛋白-配体结合数据怎么用

BindingDB 专注实测的蛋白-配体结合亲和力,是 DTI/亲和力预测建模的重要数据来源。

BindingDB 是聚焦实测结合亲和力的公共数据库,收录大量蛋白-配体的 Ki、Kd、IC50 等定量结合数据。

有什么数据

  • 蛋白-配体结合亲和力(Ki/Kd/IC50)
  • 靶点与配体结构信息
  • 实验来源与条件
  • 与 PDB、UniProt 的交叉链接

怎么获取与使用

网页检索与批量下载,也可经 API 获取;常被整理成 DTI/亲和力预测的训练集(如 Davis、KIBA 部分来源)。

使用提示

同一对象的不同实验值需谨慎合并;与 ChEMBL 有重叠但侧重结合亲和力,适合 DTI/DTA 建模(见 157)。

延伸资源

  • 对照 226《ChEMBL》;DTI 见 246、157。