PDB(Protein Data Bank)是收录实验测定(X 射线、冷冻电镜、NMR)生物大分子三维结构的全球档案库。
有什么数据
- 蛋白/核酸/复合物的 3D 坐标
- 配体与辅因子结构
- 实验方法与分辨率等元数据
- 序列与结构注释
怎么获取与使用
通过 RCSB、PDBe、PDBj 等门户检索下载(PDB/mmCIF 格式);是对接、结构预测训练与验证的基础数据。
使用提示
结构有质量差异(分辨率、缺失原子、占有率),使用前要做质量判断与修复(见 237、215)。
延伸资源
- 对照 237《RCSB PDB》;结构预测见「结构与模拟」模块。