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PDB:蛋白结构数据库基础入门

PDB 是实验测定生物大分子三维结构的全球档案库,是基于结构的药物设计的基础数据。

PDB(Protein Data Bank)是收录实验测定(X 射线、冷冻电镜、NMR)生物大分子三维结构的全球档案库。

有什么数据

  • 蛋白/核酸/复合物的 3D 坐标
  • 配体与辅因子结构
  • 实验方法与分辨率等元数据
  • 序列与结构注释

怎么获取与使用

通过 RCSB、PDBe、PDBj 等门户检索下载(PDB/mmCIF 格式);是对接、结构预测训练与验证的基础数据。

使用提示

结构有质量差异(分辨率、缺失原子、占有率),使用前要做质量判断与修复(见 237、215)。

延伸资源

  • 对照 237《RCSB PDB》;结构预测见「结构与模拟」模块。