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抗体结构预测:通用模型与抗体专用模型的差异

通用结构预测(AlphaFold)对抗体框架区不错,但 CDR(尤其 H3)难;抗体专用模型针对可变区做了优化。

抗体结构预测是生物药 AI 的核心。通用模型与抗体专用模型在「可变区」上差别明显。

通用 vs 专用

  • 通用模型(AF 类)对保守框架区预测好
  • CDR 环(尤其 H3)是难点
  • 抗体专用模型针对可变区优化
  • 专用模型常更快、对抗体更准

用途

  • 为抗体设计/优化提供结构起点
  • 辅助亲和力成熟与可开发性分析
  • 抗体-抗原对接(见 371)
  • 结合实验结构互验

关键要点

抗体的难点集中在 CDR-H3;选模型时要看它在可变区的表现,而非整体指标。

延伸资源

  • 对照 365《CDR Loop 建模》、371《抗体-抗原对接》。