共价对接 Covalent Docking：如何建模反应性结合

普通对接假设非共价结合。共价对接要额外建模配体与残基之间形成的共价键。

怎么做

• 指定靶点上的反应残基（如某 Cys）
• 指定弹头的反应类型与成键原子
• 采样成键后的姿势并打分
• 工具：多数对接程序有共价模式

注意

• 只建模「结合几何」，不等于反应动力学
• 弹头反应性需另行评估（见 379）
• 姿势仍要用相互作用核对
• 与非共价对接结合理解结合模式

延伸资源

• 对照 379《共价抑制剂》、095《Docking Score》。