要知道抗体结合抗原的哪个位置（表位）、怎么结合，需要抗体-抗原对接与表位预测。
难在哪
- 界面大而平、柔性强（PPI 类）
- CDR-H3 灵活、诱导契合
- 比小分子对接困难得多
- 打分函数对蛋白界面不成熟
方法与进展
- 蛋白-蛋白对接 + 抗体专用约束
- AF-Multimer/AF3 类复合物预测
- 表位预测辅助缩小范围
- 结合实验（HDX、突变扫描）验证
关键要点
抗体-抗原界面是典型的难 PPI；结构预测的进步正逐步改善，但仍需实验印证。
延伸资源
- 对照 364《抗体结构预测》、382《PPI 抑制剂》、113《AlphaFold3》。